Скачал тут недавно книгу из двух текстовых файлов в koi8-r и с переводами строки в стиле Win (^M)
Решил поправить это дело таким вот образом:
$ cat book_p1.txt book_p2.txt | sed 's/\r//' | iconv -f koi8-r -t utf8 > book.txt
Вот так вот :) Unix — это круто!